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1、研发背景
常规建库方法不适用于珍贵样本 常规DNA建库方法步骤繁多，损失量大，常要求DNA起始量至少在几百纳克至几微克。然而，很多珍贵样本，如来源稀少的临床样本（人血cfDNA/ctDNA等）、考古样本、石蜡包埋样本（FFPE）、冰冻组织穿刺样本等，往往都只能获得100ng以下的DNA，而且常常是高度片段化的，并带有多种化学修饰的质量偏低的DNA。将常规建库试剂盒应用于该类样本的建库，往往获得的文库产量低，质量差，且原始信息丢失严重。测序数据中的低频信号将完全淹没在背景噪声中，无法获得有效的可供分析的信息。更重要的是，珍贵样本建库一旦失败，将会为您的项目带来重大的损失。
珍贵样本要选择更好的建库试剂要从珍贵样本中获得有效数量的DNA很不容易，样本量不足是制约其有效建库的重要瓶颈之一。翊圣生物高通量测序领域的科研人员，结合丰富的NGS建库试剂研发经验与测序经验，探讨并设计了专注珍贵样本建库的微量DNA文库构建试剂盒：HieffNGSTMNanoDNALibraryPrepKitforIllumina®。该款试剂盒主要通过采用高质量的组分构成、优化酶学反应条件、改良缓冲体系、简化DNA片段筛选方法、减少DNA转移次数等技术手段，提高文库转化效率、文库产量及质量，突破了微量或珍贵样本进行常规DNA建库风险高、成功率低的瓶颈，实现了高效、稳定的微量DNA建库与测序。HieffNGSTMNanoDNALibraryPrepKitforIllumina®最低可将50pg的DNA制备成适用于Illumina®平台的专用文库，其优异的性能已在微量珍贵样本中得到有效验证，具有文库产量高、质量好，测序覆盖度高、准确性好、偏好性极低等优势，有助于更好的推动NGS技术在临床及基础研究领域的应用。
•低至50pgDNA高效建库
•极其适用于cfDNA、FFPE等珍贵样本建库
•3小时内高效建库
•更高的文库转化率
•获得更好的测序数据
2、产品描述
HieffNGSTMNanoDNALibraryPrepKitforIllumina®是针对Illumina®高通量测序平台专业开发设计的微量DNA样本建库试剂盒。本试剂盒可将50pg-250ng的微量片段化DNA制备成适用于Illumina®测序平台的专用文库，适用于血液或血浆样本中cfDNA，FFPE样本中DNA以及其他珍贵样本的建库。HieffNGSTMNanoDNALibraryPrepKitforIllumina®使用精心优化的配方体系，提供分步的、线性化的操作方案，具有文库产量高、偏好性低、更易实现自动化等优点。
HieffNGSTMNanoDNALibraryPrepKitforIllumina®在翊圣已实现规模化生产，试剂盒中提供的所有试剂组分，都经过严格的质量与功能可靠性验证，最大程度上保障产品优异性能与批次稳定性。
3、产品应用：将50pg-100ng片段化DNA制备成适用于Illumina®测序平台的专用文库。
4、产品特点1）3小时内高效建库
HieffNGSTMNanoDNALibraryPrepKitforIllumina®兼顾最优酶反应条件和最短的反应时间，大幅度缩短DNA建库时间至3小时以内，耗时与其他公司快速建库试剂盒相当，但显著提高DNA建库效率。
2）高的文库转化率
文库转化率即DNA片段转化为双端带特定接头DNA片段的效率，是衡量一款建库试剂盒的关键指标。
优秀的文库转化率意味着可以用更低的循环数得到足够上机测序的文库总量，同时降低文库构建过程中所引入的序列偏好性。
图2HieffNGSTMNanoDNAlibraryprepkitforIllumina®的文库转化率达到国际一流水准。
样本：片段化E.coligDNA。接头比例：按各款试剂盒中推荐的数值。测定方法：连接完整接头后，qPCR文库定量。
3）降低循环数
在获得相同产量文库时，使用的PCR循环数越少，表示试剂盒的建库效率越高。
表1HieffNGSTM NanoDNALibraryPrepKitforIllumina®的文库产出效率达到国际一流水准。
样本：片段化E.coligDNA。接头比例：按各款试剂盒中推荐的数值。
4）优秀的文库质量
使用HieffNGSTM NanoDNALibraryPrepKitforIllumina®对100 pg和100ngE.coli gDNA建库，所得经分选和未经分选的文库均为单一条带，正态分布，无杂峰，片段大小符合测序要求。
图3HieffNGSTMNanoDNAlibraryprepkitforIllumina®获得优秀文库。
建库样本：片段化E.coli gDNA。分选在文库扩增后进行。
5）获得优秀的测序质量
测序数据是反映建库试剂盒性能的最重要指标。
使用HieffNGSTMNanoDNALibraryPrepKitforIllumina®和品牌N同类型产品用于大肠杆菌基因组DNA文库构建，并使用IlluminaHiseq4000平台，以PE150模式进行测序。结果显示，YeasenNano在Q30、碱基质量、Mapped到的Reads比例、Coverage等方面与品牌N*II相当。
表1大肠杆菌K12菌株基因组DNA测序数据统计。
IlluminaHiseq4000,PE150,referencegenome: Escherichiacolistr.K-12substr.MG1655
InputDNA(ng) | Numberofcyclesrequiredtogenerate | |||||
100ng | 1000ng | |||||
YeasenNano | 品牌K* | 品牌N*II | YeasenNano | 品牌K* | 品牌N*II | |
0.05 | 15 | -- | -- | -- | -- | -- |
0.1 | 14-16 | -- | -- | 17-18 | -- | -- |
0.5 | 11-12 | -- | 10-11 | 15-16 | -- | 14-15 |
1 | 10-11 | 13-15 | 9-10 | 14-15 | 17-19 | 12-13 |
10 | 7-8 | 7-9 | 6-7 | 11-12 | 11-13 | 9-10 |
50 | 3-4 | 3-5 | 3-4 | 7-8 | 7-8 | 6-7 |
100 | 2-3 | 2-3 | 2-3 | 6-7 | 6-7 | 7-8 |
图41ngYeasen样品测序数据Fastqc报告（左：序列质量分布；右：碱基分布）。
6）卓越性价比
Yeasen致力于为您提供性价比最高的产品！！
图5HieffNGSTM NanoDNALibraryPrepKitforIllumina®性价比更高。
5、文献引用[1]LanJH,YinY,ReedEF,etal.ImpactofthreeIlluminalibraryconstructionmethodsonGCbiasandHLAgenotypecalling[J].Humanimmunology,2015,76(2):166-175.
[2]ThornerAR,ZiaugraL,DucarMD,etal.Optimizationoflibraryconstructionformassivelyparallelsequencingusinglow-input,FFPE-derivedDNAwithoutadditionalPCRamplification[J].2016.
[3]LakhaW,PanteleevaI,SquazzoS,etal.DNAfragmentationandqualitycontrolanalysisusingDiagenodeshearingsystemsandFragmentAnalyzer[J].NatureMethods,2016,13(10).
[4]WolfK,O'NeilD,SchroeerS,etal.Next‐GenerationSequencingLibraryPreparationfromFFPETissueSamples[J].CurrentProtocolsinMolecularBIOLOGy,2016:7.24.1-7.24.14.
[5]AponeL,LiuP,PanchapakesaV,etal.EnhancingclinicalutilityofNGSwithreducedbias,lowDNAinput,libraryconstruction[J].2016.
[6]FangN,LöffertD,Akinci‐TolunR,etal.ConstructionofaSequencingLibraryfromCirculatingCell‐FreeDNA[J].CurrentProtocolsinMolecularBiology,2016:7.25.1-7.25.13.
[7]NascimentoFS,Wei-PridgeonY,ArrowoodMJ,etal.EvaluationoflibrarypreparationmethodsforIlluminanextgenerationsequencingofsmallamountsofDNAfromfoodborneparasites[J].JournalofMicrobiologicalMethods,2016,130:23-26.
6、常见问题Q:该款试剂盒适用于哪些样本的建库？
A：本试剂盒适用于所有样本的DNA建库，尤其适合珍贵样本DNA建库，如cfDNA，FFPE样本。
Q:在使用该款试剂盒时，不同类型的样本的InputDNA量应为多少？
A：InputDNA特指投入末端修复/A尾添加步骤中的DNA。下表列举了常见应用中推荐的InputDNA量。
表1常见应用中推荐InputDNA量
Samples | CleanReads | CleanBase(G) | Q30(%) | MappedReads(%) | Coverage(%) | AverageDepth(X) |
1ngYeasen | 6,909,374 | 1.149 | 91.55 | 91.92 | 95.52 | 179.61 |
1ng品牌N*II | 6,864,846 | 1.045 | 91.40 | 90.40 | 94.83 | 175.54 |
100ngYeasen | 6,970,936 | 1.069 | 92.86 | 92.25 | 97.21 | 187.34 |
100ng品牌N*II | 6,667,866 | 1.018 | 91.83 | 92.11 | 96.92 | 186.90 |
【注】：上表为使用高质量DNA时推荐的InputDNA量，当InputDNA质量较差或需要进行片段分选时，应适当上调使用量。
Q:文库制备过程中，是否需要片段长度分选？
A：文库制备过程中需要进行片段长度分选。分选步骤可选择在末端修复/A尾添加之前，或在接头连接之后，或在文库扩增之后进行。
Q:使用该款试剂盒所得的文库是否可以用于IonTorrent平台？
A：本款试剂盒针对Illumina®平台开发，所得文库仅适用于Illumina®平台。
Q:产品的有效期与保存方法？
A：产品所有组分-20°C保存，有效期1年。
Q:纯化和分选步骤，可以使用哪些磁珠？
A：纯化和分选步骤，建议使用HieffNGSTM DNASelectionBeads（Cat#12601）或AMPureXPBeads（Cat#A63880）或其他等效产品。
7、订购信息
应用 | 样本类型 | 推荐InputDNA量 |
全基因组测序 | 复杂基因组 | 50ng-1μg |
靶向捕获测序 | 复杂基因组 | 10ng-1μg |
全基因组测序，靶向捕获测序 | FFPEDNA | ≥50ng |
全基因组测序，靶向捕获测序 | cfDNA/ctDNA | ≥50pg |
全基因组测序 | 微生物基因组 | ≥50pg |
全基因组测序PCR-free测序 | 高质量DNA | ≥100ng |
免疫共沉淀测序 | ChIP-DNA | ≥50pg |
靶向测序 | 扩增子 | ≥1ng |
8、相关产品推荐测序文库制备，您还可能用到
产品 | 货号 | 规格 | 价格（元） |
HieffNGSTMNanoDNALibraryPrepKitforIllumina® | 12202ES08 | 8libraries | 2456.00 |
12201ES24 | 24libraries | 6486.00 | |
12201ES96 | 96libraries | 23567.00 |
更多产品信息请拨打：4000-520-616或登陆：https://www.ebiomall.com/
建库试剂盒 | 产品编号 | 规格 | 价格（元） |
Hieff NGSTM MaxUpDNALibraryPrepKitforIllumina® | 12201ES08 | 8 libraries | 1726.00 |
12201ES24 | 24libraries | 4626.00 | |
12201ES96 | 96libraries | 16626.00 | |
| |||
建库模块 | 产品编号 | 规格 | 价格（元） |
HieffNGSTM DNASelectionBeads（SuperiorAmpureXPalternative） | 12601ES03 | 1mL | 296.00 |
12601ES08 | 5mL | 986.00 | |
12601ES56 | 60mL | 6286.00 | |
12601ES75 | 450mL | 26186.00 | |
HieffNGSTM EndRepairModule | 12605ES20 | 20T | 1466.00 |
HieffNGSTM dA-TailingModule | 12606ES20 | 20T | 1766.00 |
HieffNGSTM Fast-PaceDNALigationModule | 12607ES24 | 24T | 3266.00 |
12607ES96 | 96T | 10866.00 | |
HieffNGSTM Fast-PaceEndRepair/dA-TailingModule | 12608ES24 | 24T | 2066.00 |
12608ES96 | 96T | 6166.00 | |
HieffNGSTMFast-PaceDNAFragmentationReagent | 12609ES50T | 50T | 1466.00 |
HieffNGSTM Single-IndexedAdapterKitforIllumina®,Set1 | 12611ES24 | 24T | 1166.00 |
12611ES96 | 96T | 4366.00 | |
HieffNGSTM Single-IndexedAdapterKitforIllumina®,Set2 | 12612ES24 | 24T | 1166.00 |
12612ES96 | 96T | 4366.00 | |
HieffNGSTM Dual-IndexedAdapterKitforIllumina® | 12614ES96 | 96T | 6566.00 |
Hieff NGSTM CompleteAdapterKitforIllumina®,Set1 | 12615ES04 | 12×4T | 1256.00 |
12615ES16 | 12×16T | 4536.00 | |
Hieff NGSTM CompleteAdapterKitforIllumina®,Set2 | 12616ES04 | 12×4T | 1256.00 |
12616ES16 | 12×16T | 4536.00 | |
2×SuperCanaceTM High-FidelityMix forLibraryAmplification | 12620ES03 | 1mL | 526.00 |
12620ES08 | 5×1mL | 1426.00 | |
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文库定量 | 产品编号 | 规格 | 价格（元） |
Hieff NGSTMLibraryQuantificationKitforIllumina®,qPCRMasterMix | 12302ES05 | 500T | 1526.00 |
Hieff NGSTMLibraryQuantificationKitforIllumina®,DNAStandard(1-6) | 12307ES09 | 6×96μL | 2126.00 |
PicogreendsDNAQuantitationReagent 双链DNA（dsDNA）定量试剂 | 10224ES01 | 100µL | 518.00 |
10224ES02 | 5×100µL | 2118.00 | |
10224ES03 | 10×100µL | 3848.00 | |
10224ES04 | 1×1mL | 3768.00 | |
PicogreendsDNAAssayKit 双链DNA（dsDNA）定量检测试剂盒 | 10225ES84 | 2000T | 4238.00 |