Active Motif ChIP 实验专家技术经验分享 : ChIP 实验染色质超声破碎指南（下篇）

ChIP实验染色质超声破碎指南（下篇）

作者：王靖宇 博士 

在完成染色质的超声处理后，我们需要确定两件事情，一是超声处理后的染色质片段的大小是否合适，能够进行下一步的IP实验；二是，我们要知道超声处理后获得多少染色质（DNA），进而计算进行IP实验所需染色质溶液的量。

要达到这两个目的，我们需要取少量样品通过加热解除蛋白质和DNA的交联，通过RNA酶和蛋白酶去除蛋白和RNA，将DNA纯化出来进行下一步检测。

  (1). 在解交联过程中要确保解交联过程反应完全。如样本量大或样本在1.7mL离心管中，65℃孵育至少2.5小时，根据需要可至过夜，进行解交联反应。如果样品量少并且在PCR管中，可在PCR仪中95℃处理15分钟完成解交联反应。

   (2). DNA纯化要经过RNase和Proteinase处理和phenol/chloroform/salt抽提沉淀。DNA的纯化不建议直接使用吸附柱，因为在进行IP反应前的这个阶段，溶液中含有大量的蛋白质，容易堵塞吸附柱，造成样品丢失。

   (3). 纯化后的DNA，通过电泳检验片段大小，如大多数DNA片段集中在200-1000bp，即可进行下一步IP实验。若片段过大，需要将染色质样品再尝试超声几次，然后取少量样品重新进行解交联、纯化和电泳检验。

   (4). 通过分光光度计检测纯化得到的DNA浓度，进而计算出样品中DNA的含量，用于IP反应的染色体片段DNA含量一般在7~25μg。

纯化后得到的DNA可用于Input对照，在后续的检测中，通过取样比例的计算得到ChIP实验的免疫沉淀效率。
 

常见问题：

 例1




例2




例3

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