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用甲酰胺从哺乳动物细胞中分离高分子质量DNA


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实验方法原理本方案是Kupiec等所述方法(1987)的改良版本,包括用蛋白酶K消化细胞和组织,用高浓度甲酰胺分离DNA-蛋白质复合物(染色质用火棉胶袋充分透析去除蛋白酶和有机溶剂等过程。甲酰胺是一种离子化溶剂,能分离蛋白质-DNA复合物并使蛋白变性和释放,但他并不明显影响蛋白酶K的活性。用本程序制备的基因组DNA很大7200kb,适于用高包装容量载体构建文库及通过脉冲凝胶电泳分析大片段DNA。本方法有两个缺点:比其他方法需要更多的时间;所制备DNA的最终浓度颇低(约10μg/ml)。从1X108培养的非整倍体哺乳类细胞(如HeLa细胞)中大约可制备1mg高分子质量DNA。
实验材料
试剂、试剂盒
仪器、耗材
实验步骤
一、材料

1.缓冲液和溶液

透析缓冲液1(20mmol/LTris-Cl(pH8.0),0.1moI/LNaCl,10mmol/LEDTA(pH8.0),制备6L透析缓冲液1,储于4℃。)

透析缓冲液2(10mmol/LTris-Cl(pH8.0),10mmol/LNaCl,0.5mmol/LEDTA(pH8.0),制备6L透析缓冲液2,储于4℃。)

甲酰胺变性缓冲液(20mmol/LTris-Cl(pH8.0),0.8mol/LNaCI,80%(V/V)甲酰胺)

TE(pH8.0)

2.凝胶

脉冲电场凝胶或0.6%琼脂糖凝胶

3.核酸和寡核苷酸

λ噬菌体的线性单体和多联体

4.专用设备

带有不锈钢杯的搅拌器(用于组织)

火棉胶袋

尖头去除的黄色尖头

透析管夹

玻璃棒

预置于15℃的水浴或孵箱

预罝于50℃的水浴

5.细胞和组织

单层或悬浮培养的哺乳类细胞,或新鲜组织,或血样

二、方法

1.采用方案1步骤1~4制备细胞悬液(或冰冻细胞粉末)的裂解液。

2.将含有裂解细胞和裂解缓冲液的溶液冷却至15℃。每1ml细胞裂解液加1.25ml甲酰胺变性缓冲液,用玻璃棒温和地混匀溶液。将溶液在15℃放置12h。

3.将黏滞的溶液灌入一个或者多个火棉胶袋中。透析袋开口用透析管夹封住,在4℃于2L裂解缓冲液1中透析45min。换新鲜缓冲液1并继续透析至少4h后,再换2L新鲜透析缓冲液1透析另外4h。将DNA在2L新鲜透析缓冲液2中透析3次,每次至少4h。

4.测定DNA的浓度。

5.脉冲凝胶电泳或者常规的0.6%琼脂糖凝胶电泳。用λDNA单体或者线性多联体作为分子质量标记。基因组DNA大小将超过200kb。