1. 什么是RAD-SEQ? 3. RAD-seq的种类? 酶切可以将基因组简化为很多DNA片段。而片段大小筛选步骤可以进一步减少需要进行基因分型的基因位点。筛选潜在的特征性基因座位,主要依赖于两酶切位点距离。不同测序文库间片段筛选的一致性,对产生不同样本间可对比的基因座位至关重要,进而直接影响后续的生物信息分析和应用。片段筛选的方式有直接筛选和间接筛选。直接筛选包括手工切胶,磁珠筛选和pippin,但不同的技术手段,其精确性不同。下图为不同技术手段的简单比较。
Peterson, B. K., Weber, J. N., Kay, E. H., Fisher, et al. Double digest RADseq: an inexpensive method for de novo SNP discovery and genotyping in model and non-model species.[J]. PLOS ONE , 2012