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* 螺环化合物库(SpirocyclesLibrary):超过3万个高品质类先导化合物和类药性螺环化合物。这类螺环往往见于天然产物中。
*KinaseTargetedLibraries:含KINASetLibrary和KINACoreLibrary两个子库。
-KINASetLibrary:从EXPRESS-PickCollection中由计算机通过基于配体药效团的筛选挑选出的超过1.2万个化合物。经虚拟验证,它们均有可能与激酶的ATP结合位点结合。
-KINACoreLibrary:从CORELibrary中经多种方法挑选出的1万个小分子化合物,它们拥有超过420个核心骨架,高新颖性和高hit-to-lead几率。
*焦距中枢神经化合物库(CNSFocusedLibraries):提供CNS-MPOLibrary和CNS-SetLibrary两个子库。
-中枢神经多参数优化化合物库(CNS-MPOLibrary):针对各化合物的血脑屏障通透性(通过clogP,clogD,MW,TPSA,HBD和pKa等6个关键指标评估)、清除率(根据CYP介导的代谢分析)、安全性(根据多非利特结合的抑制分析)进行了优化筛选。
-CNS-SetLibrary:精选了超过61,000种类药性小分子化合物,这些化合物是通过理化性质分析和虚拟计算筛选出来的,具有更高血脑屏障穿透率和口服生物利用度。这个CNS定向库是专为研究中枢神经系统疾病的研究人员而设计的,它提供了一个预先选定的集合,其理化性质符合血脑屏障穿透和口服可用,类药性小分子药物的要求。
*GPCR化合物库(GPCRLibrary):超过9千个新颖化合物,它们拥有经模拟内源多肽配体的β发卡基序而设计的一系列GPCR相关的骨架。已有GPCR的激动剂和拮抗剂从该库中被筛选鉴定出。
*靶向离子通道的化合物库(IonChannelTargetedLibraries):同样分为IONSetLibrary和IONCoreLibrary两个子库。IONSetLibrary由根据已发表的药效团信息及配体门控(5HT3,GABA,glycin,nAChR和PCP)和电压门控(钠、钾、钙)离子通道信息挑选的7千个化合物组成;IONCoreLibrary则由拥有320个母核结构的6000个化合物组成。
*靶向核受体的化合物库(NuclearReceptorTargetedLibrary):由三千个化合物组成,它们具有与已知的具有细胞核激素受体活性的化合物相似的3D药效团指纹图谱。
据统计数据显示,成功研制一种新药需要约10—12年的时间,耗资10亿—15亿美元。计算机辅助药物设计技术能通过干涉新药发现流程,大量降低研发成本和时间,增加社会经济效益,目前,国内外利用CADD辅助药物设计工具取得了非常了不起的成绩。


| 疾病/药物 | 靶标 | 研究方法 | 活性分子 | 单位/公司 |
|---|---|---|---|---|
| 心血管 | PFA受体 | 3D-QSAR | 3个分子活性超过银杏内酯 | 上海药物所 |
| 心律失常 | 钾离子通道 | 3D-QSAR | 结构新颖的活性分子超过Dofetlide,1个化合物已通过动物和毒性试验,并转让给一医药公司 | 上海药物所 |
| 心律失常 | 钾离子通道 | 虚拟筛选 | 从小分子库中找到抗心律失常的天然产物;找到活性比TEA高1000倍的化合物 | 上海药物所 |
| 老年性痴呆 | 乙酰胆碱酯酶 | 从头设计和虚拟筛选 | 找到活性为nM数量级的抑制剂 | 上海药物所 |
| 老年性痴呆 | β分泌酶 | 虚拟筛选 | 在国际首次找到有机小分子抑制剂,活性为μM,可作为先导结构进一步衍化 | 上海药物所 |
| 肿瘤 | 酪氨酸激酶 | 虚拟筛选 | 找到有一定活性的新结构类型抑制剂 | 上海药物所 |
| 肿瘤 | MMP | ZBG设计 | 找到活性为nM数量级的抑制剂 | 上海药物所 |
| 神经系统 | FKBP12 | 虚拟筛选、组合库设计 | 有10个表现出高于或与接近于阳性对照化合物FK-506 | 军科院药物所 |
| 肿瘤 | BCL-2 | 虚拟筛选、组合库设计 | 发现了具有诱导细胞凋亡和抗肿瘤新生血管形成的药物先导化合物 | 军科院药物所 |
| 关节炎 | 磷脂酶A2 | 从头设计、虚拟筛选、3D-QSAR | 找到结构新颖活性与阳性化合物相当的化合物 | 北京大学化学系 |
| Dorzolamid | 碳酸酐酶 | MerckSharpandDohme(Harlow,UK) | ||
| Saquinavir | HIV蛋白水解酶 | Roche(Welwyn,UK) | ||
| Relenza | 神经氨酸苷酶 | Biota(Melbourne,Australia) | ||
| AG85,AG337,AG331 | 胸腺核酸合成酶 | Agouron(LaJolla,CA,USA) | ||
| Ro466240 | 凝血酶 | Roche(Basel,Switzerland) | ||
| Gleveca | Abl-酪氨酸激酶 | Novartis(Basel) |

虚拟筛选是药物筛选技术的一个发展方向,是实体药物筛选的有效补充。实体的药物筛选方法有严重的缺点:成本高、效率低、速度慢、样品量大、阳性率低(<0.1%)。相比之下,虚拟筛选(virtualscreening,VS)方法具有很大的优势。采用高通量虚拟筛选方法可从大型化合物库(如约20万个化合物的SPECS库,超过3千万个可购买化合物的ZINC库)中迅速筛选出有潜在活性的药物分子,阳性率一般在5%-20%。
陶素生化可以利用基于靶点或小分子结构的药物设计方法,对可购买化合物、天然产物等数据库进行虚拟筛选,并获得潜在活性的化合物列表供进一步活性实验确证。面向制药企业和科研院所,可提供一站式的早期药物研发服务,包括虚拟药物筛选、先导优化、靶标预测、动力学模拟等,涉及小分子化学药、生物药、中药等多种新药类型,为您提供优质的药物发现服务。
根据虚拟筛选的方式可以分为两类,即正向筛选和反向筛选。
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