Micell Technologies 宣布 DESSOLVE III 临床试验实现主要终点

注意:SignalP和TargetP输入序列需贴入FASTA格式的蛋白质序列,可从UniProt检索、下载http://www.uniprot.org/ 作业要求:有必要的截图和说明。 第10章 蛋白质的结构和功能预测-...

巴黎2017年5月18日电/美通社/--当地时间5月16日，MicellTechnologies今天在欧洲血运重建大会(EuroPCR)（欧洲经皮心血管介入学会(EuropeanAssociationofPercutaneousCardiovascularInterventions)的官方会议）的最新试验会议上公布了其DESSOLVEIII临床试验积极的12个月期数据。这项研究实现了主要终点，显示复杂患者人群的非劣效安全性与成效结果，将MiStent^®SirolimusElutingAbsorbablePolymerCoronaryStentSystem（西罗莫司可降解聚合物冠状动脉支架系统，简称“MiStent”）与Xience^®EverolimusElutingCoronaryStentSystem（依维莫司洗脱冠状动脉支架系统，简称“Xience”）相对照。荷兰阿姆斯特丹学术医学中心(AcademicMedicalCenter)心脏病学系教授、医学博士、哲学博士罗伯特-温特(RobbertJ.deWinter)公布了数据。

MicellTechnologies

温特教授评论说：“MiStent实现了术后12个月的主要非劣效靶病变失败率(TLF)终点，靶病变失败率和靶病变血运重建率数值都比较低。MiStent的靶病变血运重建率数值在术后所有时间点都比较低，一年后差距提高至1.2%。这些结果体现了对照药物缓释的潜在价值，实现持续药物影响。这些试验结果，加上DESSOLVEI和II研究的五年期结果，可进一步证明MiStent技术的潜在价值，与当前药物洗脱支架的安全性与成效表现预期进行比较。”

DESSOLVEIII是一项前瞻性、平衡、随机、对照、单盲、多中心所有参与者研究，共招募1400名患者。招募工作于2015年12月完成，今天公布了12个月的主要终点结果。这项研究由荷兰鹿特丹EuropeanCardiovascularResearchInstitute（欧洲心血管研究机构）独立开展，由MicellTechnologies提供支持。研究的设计与开展在帕特里克-塞斯(PatrickSerruys)、罗伯特-温特和威廉-威恩斯(WilliamWijns)教授等组成的指导委员会的监督下进行。

参加此项试验的冠状动脉疾病患者的症状包括慢性稳定型心绞痛、无痛性缺血或急性冠脉综合征（包括非ST段抬高型心肌梗死和ST段抬高型心肌梗死），符合接受经皮冠状动脉介入治疗的条件。这项试验的主要终点是对MiStent小组靶病变失败率与Xience小组进行术后12个月的非劣效对照。

Micell首席医学顾问、医学博士DennisDonohoe表示：“这些结果可以验证Micell超临界流体技术平台的独特性，让微晶体药物能够与快速溶解的聚合物结合使用，还能用作超薄支柱钴铬支架的涂层。这些独特特征可为患者和医疗系统带来重要的临床与经济好处。”

在一场有关新药物洗脱支架技术的会议上，DESSOLVEIIIOCT亚研究的首席研究员KrzysztofMilewski教授公布了MiStent和Xience小组患者术后6个月的OCT（OpticalCoherenceTomography，光学相干断层扫描）影像评估的积极结果。MiStent小组的内膜增生体积梗阻数值更低（15.0±4.1%：18.9±6.2%；p<0.01）。同样，MiStent小组的管腔内膜增生体积和面积都要好很多，分别为13.3立方毫米(p=0.02)和0.33平方毫米(p<0.01)。两个小组实现了同样几乎完整的支架梁内膜覆盖。

AmericanHeartofPolandS.A.研发中心主任、医学博士、哲学博士Milewski教授说：“我观察到了显著的数据差异，MiStent显然更为出色。这些OCT数据进一步证明，MiStent的独特药物代谢动力，加上微晶体西罗莫司，可减少导致需要血管重建的晚期管腔丢失的因素。”

Milewski教授介绍的更多数据以及OCT评估理论基础与设计概述将成为5月18日EuroPCR最新试验会议的主题。Milewski教授将介绍：“支架疗法评估的OCT和IVUS（血管内超声）成像：DESSOLVEIII（Xience与MiStent的随机OCT亚研究对比）。”

第7章 核酸序列的引物设计-过量表达引物的设计和软件的使用第8次作业1、根据你在第一次作业找到的mRNA序列，设计一对引物，用于扩该mRNA的编码序列（CDS）。（要求巢式引物，按照引物的标准格式书写)；并引入限制性酶切位点，使扩增产物可装载到pBI121或pBI121-GYF载体上，替换原有的 GUS 基因编码序列，获得该基因的过量表达载体。 要求：（1）设计的引物符合引物设计的一般要求，长度20-22bp，TM值50-60°，GC含量40-60%； （2）内侧引物需要加保护碱基； （3）结果按照7.5.2 文档中的引物格式书写，并粘贴mRNA序列的酶切位点分析截图、Sequencher4.7检测引物的截图结果进行上传。第1章 绪论单元测验1、总的来说，位于染色体内超过_______个碱基的DNA, 构成了人类基因组。A、30000000B、300000000C、30000000000D、30000000002、人类镰刀型红细胞贫血症是由于血红蛋白β链N端的第6个由谷氨酸突变为_______造成的。A、苏氨酸B、赖氨酸C、谷氨酸D、缬氨酸3、生物信息学是有由______、________、________等学科相互交叉而形成的一门新兴学科。A、应用数学B、生物学C、计算机科学D、高等数学4、生物信息学通过对生物学实验数据的获取、______、______、______、和_____，进而达到揭示实验数据所蕴含的生物学意义的目的、A、加工B、存储C、分析D、检索5、人类基因组计划于________年启动，于2003年完成。名词解释1、翻译并解释下列中英文名词：(1)基因组； (2)Transcriptome; (3)Proteome; (4)Interactome; (5)定位组; (6)Foldome; (7)代谢组； (8)Phenome.第2章 生物分子数据库单元测验1、RefSeq数据库是由哪个组织开发和维护的？A、NCBIB、EMBLC、NIGD、SIB2、Long non-coding RNA长链非编码RNA是长度大于 个核苷酸的非编码RNA。A、300B、250C、200D、1503、对Swiss-Prot数据库和TrEMBL数据库描述正确的有：A、TrEMBL数据量多，Swiss-Prot数据量少B、TrEMBL是自动完成的注释，Swiss-Port是人工完成的注释C、Swiss-Port和TrEMBL同属于UniProtKB数据库D、Swiss-Prot序列可靠性高，而TrEMBL数据库可靠性差4、以下哪些是一级数据库？A、PDBB、SCOPC、KEGGD、Swiss-Prot5、以下哪些是蛋白质二级数据库？A、CATHB、PfamC、PIRD、UniProtKB6、INSDC是由美国的 、欧洲 和日本 三大核酸序列数据库组成。A、GenBankB、CNGBC、ENAD、DDBJ7、PDB数据库除包含蛋白质结构外还包含核酸分子及蛋白质核酸复合物结构数据。8、在已完成测序的基因组中，病毒基因组数目最多。9、microRNA长度约 个核苷酸。10、NCBI中提供全文下载的数据库为 。作业1：mRNA序列的下载1、《生物信息学》是一门理论性和实践性都很强的课程。为了更好地提升学习者的生物信息学分析技能，本课程共布置6次作业。 希望每位学习者自开课之初都选择唯一的一条核酸序列（不能选择课程演示中的序列）进行全程分析，要求该序列为具有完整编码区（CDS）的mRNA序列，含有5-UTR、CDS及3-UTR。 每人1题分析自己选择的核酸序列，如提交的作业分析的序列与自己选择的序列不相符合，该次作业按0分处理。 请选择好序列后，在讨论区接龙提交个人信息及待分析的核酸序列的序列号。然后再分别下载该序列的GenBank和Fasta格式文档，并截图后上传。第3章 数据库查询和搜索单元测验1、tBLASTx分析是用核酸序列检索核酸序列数据库，下列说法正确的是？A、核酸序列和核酸序列数据库都需要翻译成蛋白质序列B、核酸序列和核酸序列数据库都不需要翻译成蛋白质序列C、只有核酸序列需要翻译成蛋白质序列D、只有核酸序列数据库需要翻译成蛋白质序列2、要搜索编码蛋白质序列的核酸序列，适宜的分析方法是？A、BLASTnB、BLASTpC、BLASTxD、tBLASTnE、tBLASTx3、BLAST与动态规划算法相比，下列哪些说法是正确的？A、BLAST并不能确保能找到最优解B、BLAST能够找到最优解C、BLAST运行速度比动态规划算法快得多D、BLAST与动态规划算法相比，其速度没有优势4、BLAST分析主要应用于哪些方面？A、推断序列之间的功能关系B、推断序列之间的进化关系C、识别基因家族成员D、构建系统发育树5、数据库检索可选用 、 、 等逻辑词。A、ANDB、ORC、ELSED、NOT6、E值是目的序列被随机搜索出来的概率，该值约接近于0越好。7、Blast算法是一种基于全局序列比对的序列比对算法。8、Blast算法是 年由Altschul等人提出的序列相似性比对搜索算法。9、一条DNA序列理论上可以翻译出 条蛋白质分子。10、由NCBI创建并维护的基于Web界面的综合生物信息数据库检索系统是 。第2次作业1、选择一条具有完整编码区（CDS）的mRNA序列（每人1题，如相互之间序列完全一致，均判0分），要求含有5-UTR、CDS及3-UTR。 应用BLAST在线分析工具，在核苷酸和氨基酸水平上进行序列同源性比对搜索，分析该基因及其编码的蛋白质与数据库中哪些物种（每种分析至少5个物种，并标注每个物种的中文名称、拉丁文（斜体）及序列登录号）的基因或蛋白质具同源性（关键步骤和FASTA格式序列以截图的形式粘贴到Word文档中， 并以附件上传）。2、上机检索题：（关键的检索词、步骤和FASTA格式序列以截图的形式粘贴到Word文档中， 并以附件上传） （1）已知某核酸序列登录号为NM_001647，请在数据库中检索并回答：由多少碱基构成？exon和intron的位置？编码什么基因？编码区的序列长度？编码的蛋白质的登录号？有多少个氨基酸？信号肽长度、在N端还是C端、由哪个软件预测？ （2）查找pBI121载体的核酸序列，该序列由哪个单位提交？序列上有哪些功能元件？ （3）在gene数据库中检索人类的BRCA1基因，该基因在哪条染色体上？有何功能？ （4）已知某蛋白质家族有4个成员，登录号分别为： NP_001295273.1，NP_001289833.1， CCJ09642.1, CCJ09641.1 请通过一次检索获得所有序列，描述它们的特征，并将他将它们下来建成FAST格式文件。 （5）假如你对玉米的α-淀粉酶（alpha-amylase）感兴趣，请在数据库中检索与之相关的信息。 （6）在GenBank中查找拟南芥叶绿体（chloroplast）基因组（complete genome）参考序列，其登录号是？哪些基因由叶绿体基因组编码？ （7）长度大于10000AA的人类的蛋白质序列有多少个？是什么蛋白质？有三维结构信息吗？ （8）检索人类中登录号以NP_000为开头的蛋白序列有多少个？ （9）已知Wang等在2006年10月[publication date]向GenBank提交了水稻抗病基因Xa26的序列，请问：他们提交了几条序列？登录号分别为？相关文献在pubmed数据库中的登录号是？ （10）检索从2001年到2010年近10年发表的水稻VP1基因相关的文献？第4章 序列比对-双序列比对单元测验1、蛋白质遗传密码矩阵表格中的最大取值为多少？A、4B、3C、2D、12、Smith-Waterman动态规划算法矩阵中的每个单元格有几条路径？A、4B、3C、2D、13、下列关于Needleman-Wunsch算法和Smith-Waterman算法提出早晚的论述正确的是？A、Needleman-Wunsch算法提出时间较早B、Smith-Waterman算法提出时间较早C、二者提出时间相当D、不确定4、在序列比对时，两条序列同一位点可能会出现哪些情况？A、匹配B、错配C、插入D、删除5、双序列比对的主要分析方法有哪些？A、点阵分析法B、动态规划算法C、词或K串法D、在线双序列比对分析方法6、序列亲缘关系越近，PAM后面就应该选越大数字的矩阵。7、低阶BLOSUM矩阵是适合比较亲缘关系较远的序列。8、动态规划算法能保证在给定得分系统下产生的最优比对结果。9、仿射罚分中多个空位的罚分是多倍的一个空位罚分。10、Smith-Waterman第0行0列赋初值都为 。11、两个序列之间的距离越大则两个序列的相似度就越 。12、对于序列的相似性描述，除定性的描述外，还可以对其进行 的描述。第4次作业1、1. 检索并下载 NP_850469.1 和 NP_191786.1 2. 使用Pairwise blastp、emboss_needle、emboss_water等程序比对上述序列，填写下表： 程序 得分值 一致性 相似性 空位 Pairwise blastp 1260 638/708(90%) 667/708(94%) 10/708(1%) emboss_needle emboss_water 3. 使用Pairwise blastp程序比对上述两条序列，试用不同的得分矩阵，填写下表： 得分矩阵 Range 1 得分值 期望值 一致性 相似性 空位 BLOSUM62 1-704 1260 0 638/708(90%) 667/708(94%) 10/708(1%) BLOSUM90 PAM30 PAM250第5章 序列比对-多序列比对第5次作业1、一，检索分析题 1. 以NP_012345为查询序列，blastp搜索酵母（Saccharomyces cerevisiae）的nr、refseq_protein和swissport数据库，比较搜索结果有何差异。 2. 以马铃薯（Solanum tuberosum ）Pain-1基因（登录号：L29099 for DNA，AAA50305 for protein）为查询序列： 1）blastn搜索refseq_rna数据库，E值小于10-5的序列有几条？ 2）blastp搜索refseq_protein，E值小于10-5的序列有多少？ 3）比较二者的一致性、覆盖率，本题使用哪一种程序更佳？ 3. 已知拟南芥BOR1蛋白的登录号为NP_850469，请搜索： 1）拟南芥（Arabidopsis thaliana）有几个BOR基因 2）毛果杨（Populus trichocarpa）有几个BOR基因 3）胡杨（Populus euphratica）有几个BOR基因 4. 已知番茄 TTG1-like 蛋白的登录号为 XP_004235332.1，选取 Reference proteins 数据库请搜索： 1）番茄该蛋白与哪个物种的一致性最高，identity为多少？ 2）拟南芥（Arabidopsis thaliana）中有几个该蛋白的同源序列,它们的相似性如何？ 3）搜索并下载该蛋白质在10个以上物种 RefSeq 数据库中的同源序列，并建立FAST格式的文本文档。 （关键步骤和结果请截图粘贴至WORD文档上传）2、二，多序列比对题 1. 检索并下载 NP_850469.1、NP_191786.1、NP_187296.2、NP_172999.1、NP_177619.2、NP_197925.4、NP_194977.6 等蛋白质序列并建立Fast格式的txt文档（2分） 2. 登录http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalo/，使用默认参数对上述序列进行多序列比对，查看比对结果、系统发生树，下载Alignment File（4分） 3. 使用ClustalX1.8、DNAMAN、BioEdit软件对上述序列进行多序列比对，制作美观的多序列比对图片,观察比对结果有何差异（4分） （关键步骤和结果请截图粘贴至WORD文档上传）第6章 分子系统发育分析单元测验1、当分类单元至少为3时，下列对“有根树与无根树的数目”判断正确的是？A、有根树的数目与无根树的数目一样多B、有根树的数目要多于无根树的数目C、有根树的数目要少于无根树的数目D、二者数目无法判断2、下列哪种算法建树时，选择代价最小或者枝长最短的树？A、最大似然值法B、最大简约法C、邻接法D、UPGMA法3、构建分子系统发育树的哪些算法为基于距离的方法？A、Fitch-Margoliash法B、邻接法C、UPGMA法D、最大简约法4、UPGMA法称假定进化的速率恒定，因而从同一点分歧的外枝的长度是一致的。5、用于推导系统发生的基因或物种等分类单元被称为 节点。第6次作业1、1. 根据第5次作业，第一大题第4小题结果（已知番茄 TTG1-like 蛋白的登录号为 XP_004235332.1，选取 Reference proteins 数据库，搜索并下载该蛋白质在10个以上物种 RefSeq 数据库中的同源序列，建立FAST格式的文本文档），利用 Mega6.06软件构建进化树（进化树上只显示登录号和物种名）。 2. 已知某EST的GenBank Accession为CK266615.1，请分析： （1） 该EST最可能来自于哪个基因？ （2） 获取该基因所编码的蛋白质序列； （3）搜索并下载该蛋白质在拟南芥、水稻、人类、酵母、大肠杆菌等10个物种RefSeq数据库中的同源序列； （4）构建进化树（进化树上只显示登录号和物种名） 要求：1. 提交的文件格式为word。 2. 上传构建系统进化树分析的全部蛋白质fasta格式序列的TXT文档，每条序列以“登录号+物种名（拉丁文）”命名。 3. 关键的步骤请截图粘贴至Word文档中，并用文字简要说明你的分析过程和结论。第7章 核酸序列的引物设计-引物设计的基本知识第7次作业1、根据你在第一次作业找到的mRNA序列（希望每位学习者自开课之初都选择唯一的一条核酸序列（不能选择课程演示中的序列）进行全程分析，要求该序列为具有完整编码区（CDS）的mRNA序列，含有5-UTR、CDS及3-UTR。），使用Primer5软件设计一对引物用于检测该mRNA的表达水平，并用Sequencher4.7对设计好的引物和mRNA序列的匹配度进行检测。 要求：（1）设计的引物符合引物设计的一般要求，长度20-22bp，TM值50-60°，GC含量40-60%； （2）扩增片段的长度为300-500bp； （3）结果按照7.3Word 文档的格式，并粘贴Sequencher4.7检测的截图结果进行上传。第7章 核酸序列的引物设计-定量和融合表达基因的引物设计第9次作业1、1. 已知番茄 mRNA序列 NM_001346926.1 ，请用Sequencher 软件预测这个序列的开放阅读框（ORF）,并比较其结果是否与GenBank中的信息一致？ 2. 找出编码该mRNA序列的基因组序列，并找出其外显子和内含子的具体位置，并比较其结果是否与NC_015439.2 的信息一致？ 3. 设计番茄 mRNA序列 (NM_001346926.1) 的一对跨内含子的定量引物（产物150-300bp），用于检测拟南芥改mRNA的表达量 。 4. 设计一对引物，并引入限制性酶切位点，用于扩增NM_001346926.1 的编码序列，扩增产物可装载到pGBKT7载体，并与 GAL4 DNA-BD蛋白进行融合。 要求：（1）第1-2题，请附上必要的截图和说明；（2）设计的引物符合引物设计的一般要求，长度18-22bp，TM值50-62°，GC含量40-60%； （3）结果引物设计的标准格式书写，并粘贴splign分析的内含子和外显子的结构图；（4）第4题中，添加酶切位点时必须考虑BD蛋白和目的基因编码序列的读码框一致，读码框移位将不得分；同时还必须考虑 mRNA 序列本身的酶切位点。第8章 基因预测和基因结构分析单元测验1、下列对于PCR引物修饰的说法正确的是？A、PCR引物的5’末端和3’末端均能进行修饰B、PCR引物的5’末端和3’末端均不能进行修饰C、只有PCR引物的5’末端能进行修饰D、只有PCR引物的3’末端能进行修饰2、下列哪个在线分析工具可以预测DNA的外显子-内含子？A、AugustusB、ORFfinderC、EntrezD、PLACE3、简并碱基M代表下列哪几种碱基？A、AB、TC、CD、G4、在构建表达载体时，需要同时考虑下列哪些因素？A、只能选择所用的表达载体上多克隆位点内的限制性酶切位点B、选用的限制性内切酶不能出现在目的基因的内部C、2个限制性内切酶具有通用BufferD、更靠近启动子的限制性内切酶插入到Sense Primer的5’末端5、在设计构建表达载体所需的PCR引物时，无需对目的基因进行限制性内切酶酶切分析。6、用Primer Premier 5.0软件设计的PCR引物含有红色报警信息，就意味着该引物不能扩增出PCR产物。7、当一条核酸序列进行双向测序后仍无法完成序列拼接，需基于测序结果设计测序引物，从而增加1个或多个测序反应。8、ORF的中文含义是 。9、NCBI在线提交核酸序列的平台是 。10、测序峰越窄越尖，它的可信度越 。第10次作业1、1. 使用ORF Finder预测XM_011041703.1的ORF，其结果是否与GenBank中的信息一致？ 2. 使用NetGene2分析AOFL01006562.1外显子/内含子结构 3. 使用Splign比较XM_011041703.1和AOFL01006562.1，其结果是否与NetGene2的分析结论一致？ 4. 使用BLASTN比较XM_011041703.1和AOFL01006562.1，其结果是否与Splign的分析结论一致？ 5. 使用GENSCAN预测AOFL01006562.1的ORF，其结果是否与XP_011040005.1一致？ 6. 使用GenomeScan，输入AOFL01006562.1和NP_172999.1，预测ORF，其结果是否与XP_011040005.1一致？(网站不能用可以不做) 作业要求：有必要的截图和说明。第9章 核酸序列的综合分析-1第11次作业1、1. 在ProSplicer选择性剪接数据库查询CAV2基因的选择性剪接情况，其中有几个mRNA，最终编码几个蛋白质，并列出他们的登录号。 2. 在DBTSS启动子数据库查询NM_020469的转录起始位点。 3. 已知番茄WRKY31基因的DNA序列（NM_001319981.1），请检索获得该起始密码子（ATG）上游2000 bp的启动子序列，并利用Plantcare和PLACE预测该启动子上存在哪些关键的顺式作用元件。 作业要求：有必要的截图和说明。第9章 核酸序列的综合分析-2第12次作业1、1. 使用 CodonW 分析你在第一次作业找到的mRNA序列的密码子偏好性，并利用BitGene分析该基因分别在大肠杆菌、酵母、人和拟南芥中异源表达时的密码子适应指数。 2. 使用 BioEdit 软件分析你在第一次作业找到的mRNA序列的碱基组成和限制性内切酶位点，以及获取该序列对应的mRNA和蛋白质序列。 作业要求：有必要的截图和说明。第10章 蛋白质的结构和功能预测-1第13次作业1、1. 使用ProtParam分析人类ABO血型蛋白(UniProt登录号：P16442) 的理化性质。 2. 使用ProtScale分析人类ABO血型蛋白(UniProt登录号：P16442) 的亲疏水性序列谱。 3. 分别使用SignalP和Signal-3L3.0分析人类ABO血型蛋白(UniProt登录号：P16442) 是否具有信号肽，并比较它们的预测结果是否一致？ 4. 分别使用TargetP和Cell-PLoc 2.0分析人类ABO血型蛋白(UniProt登录号：P16442)的亚细胞定位，并比较它们的预测结果是否一致？ 5. 使用KinasePhos分析拟南芥SOS1蛋白(UniProt 登录号：Q9LKW9)的磷酸化位点。 注意：SignalP和TargetP输入序列需贴入FASTA格式的蛋白质序列，可从UniProt检索、下载http://www.uniprot.org/ 作业要求：有必要的截图和说明。第10章 蛋白质的结构和功能预测-2第14次作业1、1. 使用Tmpred和TMHMM工具分析拟南芥AtMTP3（UniProt登录号： Q9LXS1.2）蛋白的跨膜区，利用TMRPres2D制作该蛋白的2D模型图 2. 登录http://www.predictprotein.org/，用你的E-mail注册并激活ID； 3. 使用PredictProtein工具分析分析拟南芥AtMTP3（UniProt登录号： Q9LXS1.2）蛋白，理解分析结果中二级结构、基序、二硫键等信息； 4. 登录http://www.ebi.ac.uk/interpro/，分析拟南芥AtMTP3蛋白质的家族信息和保守结构域信息。 作业要求：有必要的截图和结果分析。第10章 蛋白质的结构和功能预测-3第15次作业1、1. 登录http://swissmodel.expasy.org/，使用 SWISS-MODEL 和 Phyre2 预测NP_001274993.1 (NCBI登录号)的蛋白质三维结构，并比较预测结果的差异。 2. 登录http://ca.expasy.org/spdbv/，下载SWISS-PdbViewer。 3. 查看 1crn.pdb 的三维结构，熟悉工具栏各按钮的功能。 作业要求：有必要的截图和结果分析。