测多少数据量？几个G？多少reads？如何换算？

lncRNA表达量低，所以要看lncRNA的表达量变化，就要比普通RNA-seq多测一些。

要兼顾SNP和低表达量的lncRNA，要测得更深一些~

到底需要测多少数据量呢？

我们看看权威的ENCODE对RNA-seq的测序深度是如何评价的：

Standards,GuidelinesandBestPracticesforRNA-SeqV1.0(June2011)

TheENCODEConsortium

Sequencingdepth.TheamountofsequencingneededforagivensampleisdeterminedbythegoalsoftheexperimentandthenatureoftheRNAsample.ExperimentswhosepurposeistoevaluatethesimilaritybetweenthetranscriptionalprofilesoftwopolyA+samplesmayrequireonlymodestdepthsofsequencing(e.g.30Mpair-endreadsoflength>30NT,ofwhich20-25Mare mappabletothegenomeorknowntranscriptome,Experimentswhosepurposeisdiscoveryofnoveltranscribedelementsandstrongquantificationofknowntranscriptisoformsrequiresmoreextensivesequencing.Theabilitytodetectreliablylowcopynumbertranscripts/isoformsdependsuponthedepthofsequencingandonasufficientlycomplexlibrary.Forexperimentsfromatypicalmammaliantissueorinwhichsensitivityofdetectionisimportant,aminimumdepthof100-200M2x76bporlongerreadsiscurrentlyrecommended.[SpecializedstudiesinwhichtheprevalenceofdifferentRNAshasbeenintentionallyaltered(e.g.“normalizing”usingDSN)aspartofsamplepreparationneedmorethanthereadamounts(>30Mpairedendreads)usedforsimplecomparison(seeabove).Reasonsforthisinclude:(1)overamplificationofinsertsasaresultofanadditionalroundofPCRafterDSNand(2)muchmorebroadcoveragegiventhenatureofA(-)andlowabundancetranscripts.

权威的话转换如下：

根据研究目的决定测序深度：

目的1：通过抓取polyA尾巴建库（只测那些带有polyA尾巴的基因，大多是蛋白编码基因），寻找样品间基因转录谱的相似性，只需要30Mreads，长度大于30nt即可，双端测序，其中20-25M能够回帖到已知转录组上。

目的2：要发现新的转录本，对已知isoform（同一基因由于不同的可变剪接方式形成多种isoform，勉强译为亚型）进行定量分析，兼顾低表达量的转录本或isoform，就需要100-200Mread，长度大于76bp，双端测序。lncRNA-seq属于这一类型。

注：ENCODE测的是人和小鼠，其他物种不包括在此推荐范围内。

另外，miRNA测序，只需要10Mread，每条read长50bp，单端测序。

ChIP-seq，需要20Mread，每条read长50bp，单端测序。

销售只说多少G，不说reads数，如何把reads数换算成G呢？

这跟测序长度有关：

PE150或2*150，即双端测序，每条read长度150bp。

150bp X2端Xread数=数据量

例如，测50Mread，150bpX2端X50Mread=15000M=15G

注：对于双端测序，一个RNA片段，即fragment，也叫read，会测出来2条序列。

SE50或1*50，即单端测序，每条read长度50bp。

50bp X1端Xread数=数据量

例如，测20Mread，50bpX1端X20Mread=1000M=1G

再絮叨一句：这里的G是碱基数（Gbase，Gb），跟你看到的文件大小（gigabyte，GB）不是一回事哦~

测序公司给你的文件通常是压缩的fastq格式，里面有readID号，有碱基，有每个碱基的质量。

小哈看到文件大小就感觉数据量不够，是基于经验的推测，要明确测了多少数据量，跑一个FastQC或RSeQC就知道了。