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据统计数据显示，成功研制一种新药需要约10—12年的时间，耗资10亿—15亿美元。计算机辅助药物设计技术能通过干涉新药发现流程，大量降低研发成本和时间，增加社会经济效益，目前，国内外利用CADD辅助药物设计工具取得了非常了不起的成绩。
| 疾病/药物 | 靶标 | 研究方法 | 活性分子 | 单位/公司 |
|---|---|---|---|---|
| 心血管 | PFA受体 | 3D-QSAR | 3个分子活性超过银杏内酯 | 上海药物所 |
| 心律失常 | 钾离子通道 | 3D-QSAR | 结构新颖的活性分子超过Dofetlide，1个化合物已通过动物和毒性试验，并转让给一医药公司 | 上海药物所 |
| 心律失常 | 钾离子通道 | 虚拟筛选 | 从小分子库中找到抗心律失常的天然产物；找到活性比TEA高1000倍的化合物 | 上海药物所 |
| 老年性痴呆 | 乙酰胆碱酯酶 | 从头设计和虚拟筛选 | 找到活性为nM数量级的抑制剂 | 上海药物所 |
| 老年性痴呆 | β分泌酶 | 虚拟筛选 | 在国际首次找到有机小分子抑制剂，活性为μM，可作为先导结构进一步衍化 | 上海药物所 |
| 肿瘤 | 酪氨酸激酶 | 虚拟筛选 | 找到有一定活性的新结构类型抑制剂 | 上海药物所 |
| 肿瘤 | MMP | ZBG设计 | 找到活性为nM数量级的抑制剂 | 上海药物所 |
| 神经系统 | FKBP12 | 虚拟筛选、组合库设计 | 有10个表现出高于或与接近于阳性对照化合物FK-506 | 军科院药物所 |
| 肿瘤 | BCL-2 | 虚拟筛选、组合库设计 | 发现了具有诱导细胞凋亡和抗肿瘤新生血管形成的药物先导化合物 | 军科院药物所 |
| 关节炎 | 磷脂酶A2 | 从头设计、虚拟筛选、3D-QSAR | 找到结构新颖活性与阳性化合物相当的化合物 | 北京大学化学系 |
| Dorzolamid | 碳酸酐酶 | MerckSharpandDohme(Harlow,UK) | ||
| Saquinavir | HIV蛋白水解酶 | Roche(Welwyn,UK) | ||
| Relenza | 神经氨酸苷酶 | Biota(Melbourne,Australia) | ||
| AG85,AG337,AG331 | 胸腺核酸合成酶 | Agouron(LaJolla,CA,USA) | ||
| Ro466240 | 凝血酶 | Roche(Basel,Switzerland) | ||
| Gleveca | Abl-酪氨酸激酶 | Novartis(Basel) |
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