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使用EcoPlates进行微生物群落分析

BIOLOG微生物群落提供有关环境变化的有用信息。微生物几乎存在于所有环境中,通常是对环境中的化学和物理变化做出反应的首批生物。微生物群落的变化通常是整个环境健康和生存能力变化的先兆。

根据微生物生态学家的建议创建,专门用于社区分析和微生物生态研究。已发现Biolog EcoPlates可提供敏感而可靠的环境变化指数。

  • 每次测定测量31种碳源的代谢

  • 每个化验小组进行三次重复测试

  • 简单的比色读数

  • 可通过任何酶标仪读取

该方法被称为社区级生理学分析,已被证明可有效解决微生物群落中的明显时空变化。在应用的生态研究中,MicroPlates既可以用作正常人群稳定性的检测手段,也可以用于检测和评估环境变量发作后的变化。

多年来,研究人员已在许多应用中使用EcoPlates,包括:

分析
土壤中的种群变化

水和废水测试

活性污泥,堆肥
和工业废物测试

生物修复和
有毒化学物质的影响



微生物组

BIOLOG对人类,动物,植物和环境微生物群落的研究近来迅猛发展,并且正在开发新的工具来研究这些群落,存在的微生物类型以及群落的动态(稳定性或变异性)。尽管宏基因组学研究显示出巨大的多样性,但仍需要其他工具来了解社区的结构,功能及其与宿主环境的相互作用。

对于细菌群落以及感兴趣的单个菌株(包括厌氧或微需氧的菌株)的代谢谱分析,Biolog具有独特的解决方案和选择。

BIOLOG

使用表型分析进行微生物组分析

  • 对基于代谢的微生物组提供了不同的观点,这可能比宏基因组测序更好地预测表型行为

  • 检测各种底物(多糖,糖,蛋白质,氨基酸,羧酸,脂肪酸)的相对代谢率的变化

  • 检测对抗菌药和其他有毒化合物的相对敏感性的变化

  • 可用于检查微生物群落的其他重要方面,例如毒素产生

  • 易于在预先涂有代谢底物或抑制性化学物质的96孔板上进行

厌氧菌群落分析

有氧社区分析

单应变鉴定和代谢分析

社区分析

AN(厌氧)微板:

  • 使用比色氧化还原染料,专门为厌氧细菌选择的包含95个碳源的96孔板。

  • 可以在OmniLog仪器中读取板,该仪器在通量,动力学和访问Biolog数据分析软件方面具有重要优势。板也可以在MicroStation或其他酶标仪上读取

  • 在24小时或更短的时间内(通常在8小时内)获得结果

  • 联系我们以获取协议

表型微阵列微板:

  • 收集代表20个表型测试的20个定义板,以研究细胞代谢的各个方面以及对各种微生物抑制剂的敏感性

  • 单击此处以获取有关表型MircroArray技术的更多信息

  • 在这种方法中,这些测定是基于生长的,并且使用浊度而不是染料形成。测定通常需要2至4天,具体取决于具体的厌氧菌及其生长速率

  • 可以在酶标仪(OD-750)中读取板,以测量孔中的细胞密度

有关表型微阵列微板1-10(代谢板)中化学品的列表,请单击此处

有关表型微阵列MicroPlates 11-20(化学敏感性面板)中化学品和抗菌剂的列表,请单击此处

以上两个选项都需要使用厌氧室来接种MicroPlate。



用于微生物细胞的表型微阵列

BIOLOG表型微阵列(PM)代表了DNA微阵列和蛋白质组学技术之外的第三项主要技术,这是研究和药物开发的基因组时代所必需的。就像DNA芯片和蛋白质组学技术使一次检测数千种基因或蛋白质的水平成为可能一样,表型微阵列使一次定量检测数千种细胞表型成为可能。

表型微阵列技术使研究人员可以在一个实验中评估近2000种微生物细胞表型。通过对表型进行全面,精确的定量,研究人员可以无偏见地了解遗传差异,环境变化以及药物和化学物质对细胞的影响。您可以:

  • 将基因型与表型相关

  • 确定细胞的代谢和化学敏感性

  • 发现抗菌化合物的新目标

  • 在生物工艺开发中优化细胞系和培养条件

  • 为分类学或流行病学研究表征细胞表型

表型微阵列是预先配置的96孔板,其中包含不同种类的化合物,旨在测试特定细胞表型的存在与否。有10个面板设计用来询问代谢途径以及离子,渗透和pH的影响,还有10个面板用来评估对具有不同作用机理的各种抗菌剂的敏感性。

看看我们的表型微阵列板图:

PM1至PM10

细菌和真菌的代谢测试

PM11至PM20

细菌的化学敏感性测试

PM21至PM25

真菌的化学敏感性测试

表型微阵列技术的工作原理

DNA微阵列和蛋白质组学技术使科学家能够检测被基因调控的基因或蛋白质,这些基因或蛋白质的变化模式与诸如疾病状态等重要因素相关。但是,不能保证这些更改对单元格确实很重要。表型微阵列是一种补充技术,可在细胞水平上提供所需的信息。

表型微阵列是部署在微孔板面板上的预先配置的表型测试集。阵列的每个孔均设计为在接种标准化细胞悬液后测试不同的表型,从而允许在单个实验中同时测试数千种表型。

表型微阵列使用Biolog的专利氧化还原技术,具有细胞呼吸作用(NADH产生)作为通用报告基因。如果表型在孔中强烈“呈阳性”,则细胞会主动呼吸,从而还原四唑鎓染料并形成强烈的颜色。如果是弱阳性或阴性,呼吸会减慢或停止,结果是颜色变少或没有颜色。

氧化还原测定提供了表型的扩增和精确定量。表型数据的孵育和记录由OmniLog仪器自动完成

为了比较两种细胞系的表型,一种记录为红色示踪,一种记录为绿色示踪。这些图然后可以被生物信息学软件覆盖以检测差异。重叠区域被染成黄色,而差异则被突出显示为红色或绿色。

运动数据捕获与分析

OmniLog PM软件包含一套与OmniLog PM系统和Phenotype MicroArray面板配合使用的算法,可在固定的用户控制温度下自动孵育多达五十个微孔板,并随时间完整收集比色测定数据。这些程序允许从OmniLog PM系统记录的PM面板显示动力学数据,管理和分析数据,以各种原始和处理形式导出数据并生成报告。

软件功能

  • 驱动OmniLog PM系统的运行

  • 指导板或PM面板的加载和读取

  • 为每个板或PM面板创建动力学数据文件,以在其他程序模块中使用

 

文件管理/运动分析

  • 将平板或PM面板数据文件组装到数据列表中

  • 显示数据的动力学图

  • 允许将动力学曲线导出为bmp或jpeg文件

 

参数分析

  • 从文件管理/运动分析模块中提取数据列表

  • 根据动力学数据计算参数

  • 允许比较两个数据列表

  • 突出显示孔并生成关于在任何选定的动力学分析参数上均存在显着差异的PM表型的报告

  • 允许识别所有PM面板中的基材

  • 将PM面板中的代谢底物链接到KEGG数据库

  • 导出原始OmniLog动力学数据

  • 导出数据参数以进行统计和生物信息学分析



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