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Affymetrix 表达谱芯片

提供商: Affymetrix
服务名称: 检测及数据分析
中康博Affymetrix表达谱芯片服务
 
美国Affymetrix 公司是基因芯片产业先行者,早在1989年就研制出了世界首张基因芯片,其开发的寡核苷酸原位光刻合成专利技术(light-controlled in situ synthesis of DNA microarrays),是目前最高密度的芯片制备技术。目前用Affymetrix芯片发表的科学文章现已上万篇,多篇文章发表在nature、science、cell等世界最高级别的学术刊物上。
     中康博是一家专业的高通量检测、数据分析整合供应商,主要从事Affymetrix基因检测、二代测序、RT-PCR和生物信息学分析, 可为客户提供Affymetrix专业基因表达谱芯片服务。
 
一、主推表达谱芯片
Affymetrix表达谱芯片由来以早,是一类使用广泛的芯片,主要用来检测转录组水平,用以分析基因表达的差异情况。Affymetrix表达芯片是目前物种最全面的芯片品牌,包括常见的人、小鼠、大鼠外,还包括众多小物种,比如鸡、斑马鱼、猪等等,特别是在心血管和口腔领域,斑马鱼和猪这类模式动物用的比较多。这类型客户如果想做表达谱芯片,那只能选择Affymetrix的小物种芯片。目前主流Affymetrix表达谱芯片信息如下:
 

总结来说,目前Affymetrix主流表达谱主要有四类:
1. Clariom D系列:Affymetrix最新一款芯片,有人、小鼠、大鼠三个物种,其中人的Clariom D芯片是一款四合一芯片,可同时检测mRNA、lncRNA、circRNA和pre-miRNA 四个层面,但是大鼠和小鼠的Clariom D芯片只能检测mRNA、lncRNA和pre-miRNA 三个层面。这是一款性价比最高芯片,无论您研究那个层面都是个不错的工具。
2. Clariom S系列: 业界领先的人、大鼠和小鼠基因(mRNA)表达水平芯片该芯片覆盖所有注释明确的基因,可检测20,000个注解基因的表达水平。这款芯片是研究注释明确基因的最好工具—简单、高速、低成本。
3. Gene 2.0 系列:Affymetrix芯片中典型的一款表达谱芯片,主要检测mRNA,附带部分lncRNA信息,主要有人、小鼠和大鼠三个物种。
4. Primeview系列:是一款针对人的表达谱芯片,只检测mRNA。它是经典表达谱芯片U133 plus 2.0 的简化版,它检测信号强以及重复性好,而且价格便宜,是一款强大又经济的检测工具。
 
补充:其他小物种表达谱芯片
Affymetrix 3 IVT Expression Array: 拟南芥、苜蓿、稻、大豆、大麦、小麦、柑橘、棉花、玉米、白杨、甘蔗、西红柿、葡萄、酵母、果蝇、秀丽隐杆线虫、牛、犬、鸡、猪、恒河猴、非洲爪蟾、热带爪蟾、斑马鱼。
Affymetrix Gene 1.0 ST Array : 拟南芥、苜蓿、稻、大豆、果蝇、秀丽隐杆线虫、牛、犬、鸡、猪、恒河猕猴、食蟹猕猴、马、猫、豚鼠、狨猴、羊、兔、恒河猴、斑胸草雀、斑马鱼、番茄。
 
二、Affymetrix表达谱芯片项目流程
  我们的项目流程:1客户处收集样品——2 样品抽提质检——3 基因芯片检测——4 原始数据质控和解析——5 数据分析。
 
三、Affymetrix表达谱芯片数据分析
 
中康博案例文章:
1. Pingping Zhu et al. ZIC2-dependent OCT4 activation drives self-renewal of human liver cancer stem cells. J Clin Invest. 2015;125(10):3795-3808.  IF=13.
2. Yanying Wang et al.The Long Noncoding RNA lncTCF7 Promotes SelfRenewal of Human Liver Cancer Stem Cells through Activation of Wnt Signaling. Cell Stem Cell 16, 413–425, IF=22
3. Xia Wang et al.MicroRNA Let-7i Negatively Regulates Cardiac Inflammation and Fibrosis. Hypertension. 2015;66:00-00. IF=6.5
4. Yingyu Sun et al.A glioma classification scheme based on coexpression modules of EGFR and PDGFRA. PNAS March 4, 2014 vol. 111 no. 93538-3543
5. Wang et al.Stage-specific differential gene expression profiling and functional network analysis during morphogenesis of diphyodont dentition in miniature pigs, Sus Scrofa. BMC Genomics 2014, 15:103
6. Junchao Duan,et al.Low-dose exposure of silica nanoparticles induces cardiac dysfunction via neutrophil-mediated inflammation and cardiac contraction in zebrafish embryos. Nanotoxicology.
7. H. Hu, Q. Li, L.Jiang, Y. Zou, J. Duan and Z. SUN, Toxicol. Res., 2016, DOI: 10.1039/C5TX00383K

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