Affymetrix表达谱芯片欧易生物

表达谱芯片应用

检测基因表达水平、差异基因筛选、基因功能研究

 

平台： Affymetrix芯片平台

技术特点

■ 采用独特的光蚀刻原位合成技术合成芯片；
■ 采用短探针设计（通常25mer长度），具有较好的灵敏度；
■ 采用多位点探针设计，即对一个基因转录本，设计多个探针，综合评价基因表达量。

 
* 欧易生物是Affymetrix基因芯片官方认证服务商

技术流程

芯片种类

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欧易特色

■ 完整的硬件系统：配备有芯片检测所需的所有仪器，包括杂交炉、扫描仪、2100样品质控系统等；
■ 专业的技术操作人员：十年以上芯片实验操作经验；
■ 专业的生物信息分析团队，熟悉各种分析算法和软件；
■ 更个性化的生物信息分析服务：与客户充分互动，提供更多个性化分析思路和分析方案；
■ 完善的后续验证支持：持续专注于mRNA的定量检测，为上千位客户提供过相关服务。

表达谱芯片分析流程

表达谱芯片技术参数

案例展示

案例一：Rac1b促进结肠癌细胞存活的机制分析
Rac1b是小GTP蛋白Rac1的一种可变剪接体，前期的大量研究报道称Rac1b可以促进细胞增殖、抑制细胞凋亡。欧易生物携手上海交通大学附属新华医院和同济大学附属第十人民医院利用Affymetrix的人表达谱芯片检测过表达Rac1b的HEK293T细胞系，确定Rac1b的过表达可以激活JNK2/c-JUN/cyclin-D1通路，促进细胞增殖；同时激活AKT2/MCL1通路，抑制细胞分化。通过敲降人结肠癌细胞HT29的Rac1b，发现AKT2/MCL1通路对Rac1b更敏感。



图1：差异基因富集分析获得的显著富集10个通路信息

案例二：RIZ1在恶性脑膜瘤中的作用机制研究
恶性脑膜瘤是非常稀少的恶性脑膜瘤亚型，具有一定术后复发性。相关研究确定RIZ1的过表达可以抑制恶性脑膜瘤的肿瘤细胞增殖，促进肿瘤细胞凋亡，但具体作用机制是什么？为了解释这个问题，欧易生物携手上海长征医院和上海交通大学通过Affmetrix的人表达谱芯片检测，解析了RIZ1的肿瘤抑制机制，同时推测TAT-RIZ1-PR蛋白可能是一个潜在的、新的恶性脑膜瘤的药物作用靶点。
 
图2. 突变体中下调表达基因功能分析TAT-RIZ1-PR处理不同时间点的差异基因表达模式
 

参考文献

[1]Li G, Ying L, Wang H, et al. Rac1b enhances cell survival through activation of the JNK2/c-JUN/Cyclin-D1 and AKT2/MCL1 pathway. Oncotarget, 2016, doi: 10.18632/oncotarget.7602. (IF: 6.359)
[2]Ding MH, Wang Z, Jiang L, et al. The transducible TAT-RIZ1-PR protein exerts histone methyltransferase activity and tumor-suppressive functions in human malignant meningiomas. Biomaterials, 2015, 56:165-178. (IF: 8.557)

【欧易合作项目】
转录组学测序、简化基因组测序、基因组重测序、捕获测序、表达谱芯片、miRNA芯片、lncRNA芯片、甲基化检测、酵母文库、微生物、SNP、蛋白定量、蛋白检测、代谢组学、其他（详情请登录欧易生物官方网站查看或电话咨询）
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