蛋白质序列分析和结构预测

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【实验目的】1、掌握蛋白质序列检索的操作方法；2、熟悉蛋白质基本性质分析；3、熟悉基于序列同源性分析的蛋白质功能预测，了解基于motif、结构位点、结构功能域数据库的蛋白质功能预测；4、了解蛋白质结构预测。【实验内容】1、使用Entrez或SRS信息查询系统检索人脂联素(ADIponectin)蛋白质序列；2、使用BioEdit软件对上述蛋白质序列进行分子质量、氨基酸组成、和疏水性等基本性质分析；3、对人脂联素蛋白质序列进行基于NCBI/Blast软件的蛋白质同源性分析；4、对人脂联素蛋白质序列进行motif结构分析；5、对人脂联素蛋白质序列进行二级结构和三维结构预测。【实验方法】1、人脂联素蛋白质序列的检索：（1）调用Internet浏览器并在其地址栏输入Entrez网址(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Entrez)；（2）在Search后的选择栏中选择protein；（3）在输入栏输入homosapiensadiponectin；（4）点击go后显示序列接受号及序列名称；（5）点击序列接受号NP_004788(adiponectinprecursor;adiposemostabundantgenetranscript1[Homosapiens])后显示序列详细信息；（6）将序列转为FASTA格式保存(参考上述步骤使用SRS信息查询系统检索人脂联素蛋白质序列)；2、使用BioEdit软件对人脂联素蛋白质序列进行分子质量、氨基酸组成和疏水性等基本性质分析：打开BioEdit软件→将人脂联素蛋白质序列的FASTA格式序列输入分析框→点击左侧序列说明框中的序列说明→点击sequence栏→选择protein→点击AminoAcidComposition→查看该蛋白质分子质量和氨基酸组成；或者选择protein后，点击Kyte&DoolittleMeanHydrophobicityProfile→查看该蛋白质分子疏水性水平；3、人脂联素蛋白质序列的蛋白质同源性分析：（1）进入NCBI/Blast网页；（2）选择Protein-proteinBLAST(blastp)；（3）将FASTA格式序列贴入输入栏；（4）点击BLAST；（5）查看与之同源的蛋白质；4、人脂联素蛋白质序列的motif结构分析：（1）进入http://hits.isb-sib.ch/cgi-bin/PFSCAN网页；（2）将人脂联素蛋白质序列的FASTA格式序列贴入输入栏；（3）点击Scan；（4）查看分析结果（注意PrositeProfile中的motifinformation）；5、人脂联素蛋白质序列的二级结构预测：（1）进入下列蛋白结构预测服务器网址：http//www.embl-heidelberg.de/predictprotein//predictprotein.html(ThePredictProteinServer)；（2）在Youcan栏点击default；（3）填写email地址和序列名称；（4）将人脂联素蛋白质序列的FASTA格式序列贴入输入栏点击Submit；（5）从email信箱查看分析结果；6、人脂联素蛋白质序列的三维结构预测：（1）进入http//www.expasy.org/swissmod/SWISS-MODEL.html（SwissModelFirstApproachMode）网页；（2）填写email地址、姓名和序列名称；（3）将人脂联素蛋白质序列的FASTA格式序列贴入输入栏；（4）点击SendRequest；（5）从email信箱查看分析结果（注：需下载软件入rasmol查看三维图象）。【作业】1、提交使用上述软件对人脂联素蛋白质序列进行基本性质分析、同源性分析、motif结构分析以及二级结构和三维结构预测的结果；2、相互对比结果，说明产生不同结果的原因，总结进行上述分析所需注意的关键事项。