PowerBiofilm与PowerSoil的区别

在之前的文章，我们解说了提取生物薄膜（Biofilm）和生物垫（Biomats）的注意事项。这类物质不同于一般的环境样品，它们需要特殊的化学手段降解胞外聚合物（EPS）以释放其中的细胞并进一步裂解处理。
国际红树林生态系统协会（ISME）在西澳大利亚举行的第十三届展览会上，各科学家问最多的问题是：PowerSoil与最新出的PowerBiofilmDNAKit有什么区别？下文将介绍给读者关于这两款颇有针对性创新技术的异同点。
    1、研磨珠套管
    PowerBiofilmKit使用了新的研磨珠套管，里头混合了有玻璃研磨珠和石榴石研磨珠。两种研磨珠的混搭使用，经实验证明能有效裂解各类不同硬度、含水量和组成成分的生物薄膜（Biofilm）和生物垫（Biomats）。
    PowerSoilKit和PowerLyzerPowerSoilKit的研磨珠套管中都只含有一种研磨珠。MoBio独创的PowerSoilDNAIsolationKit研磨珠套管中已经预先灌入了研磨均质缓冲液。在涡旋仪上使用石榴石材质研磨珠比玻璃珠更合适。表面锋利不规则的石榴石质地相对柔软，在快速破碎土壤及粪便样品的同时对DNA伤害很小。而当使用高速研磨机时，0.1mm玻璃研磨珠最合适不过。研究发现，一些像粘土、沉积物性质的样品使用玻璃珠和石榴石混合研磨珠取得的研磨效果反而没有单独使用0.1mm玻璃珠的好。所以我们只采用了单种研磨珠。
    2、化学手段
    PowerBiofilmKit使用了独有的化学配方用于溶剂多糖，降解胞外聚合物（EPS）。多种溶液结合增强作用力，溶解样品表面粘性物质提高研磨珠击打破碎效率。过度的研磨击打胞外聚合物（EPS）可能会导致DNA和RNA的损失。而在击打破碎前先溶解掉一部分，就可以在稍轻的研磨条件下获得更大的得率。PowerSoilkit并没有使用此创新的溶解EPS化学手段。其IRT系统足以完全去除植物残骸留在土壤中的多糖类物质。
    3、抑制因子去除技术（IRT）
    PowerSoil和PowerBiofilmkit都采用了IRT技术。绝大部分的生物薄膜（Biofilm）和生物垫（Biomats）都富含腐植酸。因此去腐植酸步骤非常有必要。为了获得高纯度土壤DNA，PowerSoilKit必须采用IRT技术。
    5、硅胶薄膜纯化技术（SilicaTechnology）
    两种试剂盒都采用了硅胶薄膜纯化技术来回收去除腐植酸后的核酸。最终溶解到Tris缓冲液的DNA可以直接用于下一步实验。
    6、PowerBiofilmRNAKit
    细菌薄膜RNA只有一种小提规格的kit。RNAKit与DNAKit最大的区别在于采用了不一样成分不一样浓度的盐溶液来绑定核酸到离心柱上。在洗脱核酸前还采用了DNase处理来去除基因组DNA成分，节省后期处理的时间。
而土壤中RNA含量本来就很低，于是在土壤RNA的盒子中，样品起始量设在2g。采用了苯酚来强化细胞裂解。后期采用了阴离子交换树脂技术，以分离到非常高纯度的RNA。此时DNA与RNA共同存留在二氧化硅薄膜上，使用另一款产品12867可同时分离出同一个样品的DNA。博文中有篇文章给出了提取土壤RNA的一些小诀窍。
    我们还写了一篇PowerfilmKit的使用诀窍。正在使用这款盒子的同学，抽空去看看吧。
这些就是两个试剂盒的不同之处。有些人告诉我，他们正在用PowerSoil来提取生物薄膜样品。当然，PowerSoil在提取一些EPS含量不高，生物量很高的样品结果也会很理想。但，如果提取生物薄膜和生物垫，想得到一致得率和纯度时，请选用PowerBiofilmKit。