NuRNA™ Human tRNA Modification Enzymes PCR芯片技术服务

     tRNA修饰受各类tRNA修饰相关蛋白的动态调控^[2]，这些蛋白突变或者功能紊乱，与多种疾病的发生有关。例如，NSUN2负责催化胞嘧啶5’甲基化，其突变会导致机体头小畸形症^[3]；t6A甲硫基转移酶CDKAL1功能紊乱可诱发Ⅱ型糖尿病^[4]。tRNA修饰对于疾病治疗的重要性，以及这些修饰是如何被调控，仍待进一步的研究^[5,6]。     
​   美国Arraystar公司最新发布了市场上首款聚焦tRNA修饰蛋白检测的PCR芯片——NuRNA™tRNAModificationEnzymesPCRArray。参考已有文献与权威数据库（UniProt和Modomics），此款芯片囊括了85个tRNA修饰酶和蛋白因子，覆盖了所有已知的tRNA修饰酶。PCR芯片上的每对引物在多个组织和细胞系中通过了严格验证。



产品信息：
 

服务名称	芯片	规格	描述
NuRNA™HumantRNAModificationEnzymesPCRArrayServiceNEW！	NuRNA™HumantRNAModificationEnzymesPCRArray	384-well(4*96)/plate	同时检测85个tRNA修饰酶及相关蛋白因子

芯片特点：
•覆盖度广—囊括了UniProt与Modomics中所有已知的tRNA修饰酶/蛋白因子
•严谨性强—所有引物都通过了多样本严格验证
•快速简易—即用型384孔板规格，只需将CDNA与qPCRMasterMix混合试剂加入PCR板中，4小时内得到实验结果。cDNA无需预先扩增。

表1.tRNA修饰酶/蛋白因子（修饰类型）

tRNA修饰及相关蛋白(85): ADAT1(m1I37),ADAT2(m1I34),ADAT3(-),ALKBH1(mcm5U),ALKBH8(mchm5U34/mcm5s2U34/mcm5U34/mcm5Um34),C9orf64(-),CDK5RAP1(ms2A37/ms2i6A37),CDKAL1(ms2A37/ms2i6A37),CDKL1(ms2t6A),CTU1(mcm5S2U),CTU2(mcm5S2U),DUS1L(D16/17),DUS2(D20),DUS3L(D47),DUS4L(D),ELP3(-),ELP4(mcm5s2U),FBLL1(-),FTSJ1(Cm32/Gm34),GTPBP3(tm5U34),HSD17B10(m1A9/m1G9),IKBKAP(-),KIAA0391(m1A9/m1G9),KIAA1456(Um),LAGE3(t6A37),LCMT2(o2yW),METTL1(m7G46),METTL2A(Cm),METTL2B(3mC),MOCS3(mcm5S2U),MTO1(tm5U34),NAT10(Ac4C),NFS1(s2U34/tm5s2U34),NSUN2(m5C49),NSUN6(m5C72),OSGEP(t6A37),OSGEPL1(t6A37),PUS1(pseudouridine27/pseudouridine28),PUS10(pseudouridine55),PUS3(pseudouridine39),PUS7L(pseudouridine),PUSL1(pseudouridine),QTRT1(Q34),QTRT2(Q34),RPUSD1(pseudouridine),RPUSD2(pseudouridine31/pseudouridine32),RPUSD3(pseudouridine),RPUSD4(pseudouridine31/pseudouridine32),SSB(-),TARBP1(-),THUMPD1(Acetylcytidine),THUMPD2(Gm),THUMPD3(Gm),TP53RK(t6A37),TPRKB(t6A37),TRDMT1(m5C38),TRIT1(i6A37),TRMO(m6t6A),TRMT1(m2G26/m22G26),TRMT10A(m1G9),TRMT10B(m1G9),TRMT10C(m1A9/m1G9),TRMT11(m2G10),TRMT112(mchm5U34/mcm5s2U34/mcm5U34/mcm5Um34),TRMT12(o2yW),TRMT13(m4C/m4A),TRMT1L(m2G26/m22G26),TRMT2A(Um),TRMT2B(m5U54),TRMT44(Um44),TRMT5(m1G37/o2yW),TRMT6(m1A58),TRMT61A(m1A58),TRMT61B(m1A58),TRMU(s2U34/tm5s2U34),TRUB1(pseudouridine),TRUB2(pseudouridine55),TYW1(o2yW),TYW1B(o2yW),TYW3(o2yW),TYW5(o2yW),UBA5(cyclict6A),URM1(mcm5S2U),WDR4(m7G46),YRDC(t6A37)

注：tRNA修饰缩写参考Modomics数据库，基因名参考UniProt。

PCR芯片实验流程
1. RNA抽提与质量检测
进行RNA常规抽提，使用NanodropND-1000检测RNA浓度和纯度，使用琼脂糖凝胶电泳检测RNA纯度和完整性。详细的样品QC结果见Arraystar服务报告。
2. cDNA合成
每样本取1.5μgRNA，使用rtStar™First-StrandSynthesisKit(Cat#AS-FS-001,Arraystar)试剂盒合成cDNA第一链。详细步骤参照Arraystar产品操作手册。
3. Real-timePCR扩增
将cDNA与ArraystarSYBRGreenqPCRMasterMix(Cat#AS-MR-005-5,Arraystar)混合，加入至384孔板中，在ABI7900PCR仪上进行Real-timePCR扩增。
4. 熔解曲线分析与原始数据导出
PCR扩增完成后，进行熔解曲线分析，使用PCR仪自带软件导出原始数据。出具RawData文件夹，包含原始Ct值、PCR扩增曲线图和熔解曲线图。

PCR芯片数据分析流程
1. PCR芯片数据质控
质控参数：Ct(Blank)>35;Ct(GDC)>35;Ct(RNASpike-in)<25; Ct (PPC) <25. 符合上述条件的样本进入下一步分析。
2. 数据校正与△Ct值计算
板间校正：使用Ct(PPC)对不同PCR板进行板间校正。
内参校正与△Ct值计算：挑选最优内参，使用内参均值计算△Ct值。
3. 差异倍数计算(2^(-△△Ct))
使用△△Ct方法计算不同样品组之间的表达差异倍数。
4. P值计算
对样本组进行t检验，计算P值。
5. 其他常规数据分析
散点图分析；火山图分析；TOP20表达上调和下调transcript柱形图分析
6. 提供服务报告与数据分析结果
a. Arraystar服务报告（包括RNA样本QC和详细实验数据分析步骤）
b. Excel芯片结果汇总表（包括Transcript列表，数据分析结果和各类图表）
c. RawData文件夹(包含原始数据、扩增曲线图和熔解曲线图)

NuRNA™HumantRNAModificationEnzymesPCR芯片服务部分结果展示参考文献：
[1]KirchnerS,IgnatovaZ.EmergingrolesoftRNAinadaptivetranslation,signallingdynamicsanddisease.NaturereviewsGenetics2015;16:98-112.
[2]ElYacoubiB,BaillyM,deCrecy-LagardV.BiosynthesisandfunctionofposttranscriptionalmodificationsoftransferRNAs.Annualreviewofgenetics2012;46:69-95.
[3]BlancoS,DietmannS,FloresJV,HussainS,KutterC,HumphreysP,etal.AberrantmethylationoftRNAslinkscellularstresstoneuro-developmentaldisorders.TheEMBOjournal2014;33:2020-39.
[4]ZhouB,WeiFY,KanaiN,FujimuraA,KaitsukaT,TomizawaK.Identificationofasplicingvariantthatregulatestype2diabetesriskfactorCDKAL1levelbyacoding-independentmechanisminhuman.Humanmoleculargenetics2014;23:4639-50.
[5]ZhangX,CozenAE,LiuY,ChenQ,LoweTM.SmallRNAModifications:IntegraltoFunctionandDisease.Trendsinmolecularmedicine2016.
[6]SuzukiT,NagaoA,SuzukiT.HumanmitochondrialtRNAs:biogenesis,function,structuralaspects,anddiseases.Annualreviewofgenetics2011;45:299-329.



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