染色质免疫沉淀反应 (ChIP) 是一项用于检测蛋白质和 DNA 之间相互作用的技术,以富集特定蛋白质相关的 DNA 为基础。该技术将 ChIP 与大量同步定序法相结合 (ChIP-seq),以准确调查蛋白质与 DNA 之间的相互作用,顺利开展表观遗传学标记研究,从而帮助人们全面了解基因转录调节。蛋白质与 DNA 之间精准又详尽的映射图至关重要,有助于解开很多生理流程和疾病状态(包括癌症)背后的调节网络。最近的先进技术发现染色质和转录之间相互作用的动态性和复杂度远远超出人们最初的预测。之前采用微阵列的技术受限于低聚核苷酸探头的数量,因为大量不同物种特定探头对于芯片表面可能过于混乱。下一代测序技术可以同时测定数千万或数亿 DNA 短片段的序列,而且不会造成阵列的混乱。ChIP-seq 法可以精确到每个碱基对的分辨率,减少了伪影,增加了覆盖面,扩大了动态范围,具有过去技术所不具备的显著优势,让几年前只能想象的实验变成了现实。 Chromatrap® 是一种更快、更简单、更有效的 ChIP-seq 测定方式(专利号:GB2482209)。它采与蛋白质 A 或蛋白质 G 完成共价连接的圆盘状惰性多孔聚合物捕获目标染色质/抗体复合物,大大提高了捕获效率。Chromatrap 将固态技术和高通量测序法相结合,从而可以从少量细胞和染色质浓缩物中获取准确的 ChIP-seq 协议。Chromatrap ChIP-seq 特别适用于更高的染色质浓度,现在还将 Chromatrap 的动态范围与下游深度测序的分析主力相结合,从而可以在基因组中识别转录因子结合位点,以及与蛋白质修饰关联的特定 DNA,完全不存在规模和分辨率方面的限制。
在2012-2015的Chromatrap®固态芯片技术全球推出了许多项目中得到证明:比传统的基于磁珠法和琼脂糖法更有效。这是因为固相多孔聚合物与任一蛋白质A或G在捕捉染色质时更有效,它具有低非特异性结合。此外,它采用了离心柱的方法,速度显著提高,较琼脂糖或磁珠法更为快速、简便、高效。Chromatrap®的 DNA pull down水平是传统方法25倍,而DNA富集信噪比高至2至3倍,即使样品在50ng-3000ng同样可以做免疫沉淀。
2. Brian J. Engel, a Biochemistry & Cell Biology researcher at Rice University, USA,评论说:与传统的基于磁珠法的ChIP测定相比,我最喜欢Chromatrap试剂盒的是易用性,快速和可靠性。不用担心在使用基于磁珠法时在洗涤过程中意外丢失磁珠和减少染色质”。 他的同事Curt Warren补充说:”我们发现Chromatrap试剂盒快速,可靠和灵活。使用此套件节省试剂和时间,使基于IP的实验更加简单,更加可行。 使用Chromatrap增强的重现性,我不会再使用基于磁珠法的ChIP试剂盒,ChromaTrap-ChIP已被我们的研究团队完全支持和采纳。
3. Professor Steve Conlan, Head of Molecular & Cell Biology at Swansea University, UK,评论说:“Chromatrap简化与染色质IP相关的复杂的实验过程,与常规的磁珠法相比,它更快速和更友好,获得更一致的数据,最重要的是可以使用更少的input样品。 我们已经永久性地切换到使用Chromatrap进行我们所有的细胞系和基于原代细胞的测定,并完全支持该技术。研究助理 - Helen Whiteland博士补充说:“我喜欢Chromatrap技术的易用性和快捷的方法让我在同一天来分析我的数据”。 Professor Steve Conlan 研究重点是妇女的健康,这涉及到妇女不孕不育妇科和妇科肿瘤学,如子宫癌,子宫内膜,子宫内膜和卵巢癌。 妇科肿瘤学的研究集中于理解基因如何调节或它们如何在疾病中失调的机制;以及对子宫内膜表面以及卵巢功能的影响。大约几年前,当我们开始推动表观遗传学研究时,可用的技术非常有限。 我们一直在与英国 Porvair一起开发Chromatrap-ChIP技术,使表观遗传学研究更简单,更有效,更快,并帮助我们推进我们的研究。
Chromatrap®使用用蛋白A或G功能化的固相多孔聚合物,比基于磁珠法具有更大的染色质和抗体捕获。与基于琼脂糖法或磁珠的传统方法相比,Chromatrap旋转柱方法提供了显着的优点,其涉及许多步骤的分离,移液和重悬浮。使用Chromatrap的独立测试证明测定的可重复性,并且在负IgG背景上的强的倍数扩增使得能够在多个基因靶标上靶向丰富和低丰度标记。 DNA pull down水平比使用传统的基于磁珠法高25倍,即使样品小至50ng-3000ng,染色质免疫沉淀使Chromatrap亦可用于小规模活检。