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mRNA中，5'帽结构的甲基化很常见，腺苷的N6位置上(m6A)的甲基化也较为常见。tRNA是修饰最多的RNA，嘌呤上的甲基化很常见。 根据国外文献： DNA甲基化是与基因表达的沉默相关的一种表观遗传修饰。 Daniel Tenen及同事提出，活性转录直接调控DNA甲基化的水平。来自被研究很透彻的甲基化敏感基因CEBPA的一个非编码RNA与DNA甲基转移酶DNMT1相互作用，阻止在CEBPA位点上的甲基化，从而帮助CEBPA表达。DNMT1 和 RNAs之间的功能联系似乎发生在无数基因位点上。 这些发现支持认为非编码RNA通过与DNMT1相互作用来参与基因组甲基化模式的调控的假说，同时也为异常DNA甲基化的点特异性改变提出了一个潜在治疗策略。 推测rna甲基化是生物性质表达的重要突进，虽然这种形式普遍存在于各种高级生物中，微生物应该也具备这一过程。