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蛋白酶分解蛋白的时候是要识别具体的酶切位点，不是所有的蛋白都能分解，比如胶原酶，其酶切位点为：在P-X-G-P肽链中X（x为任意氨基酸）之后，如果一个蛋白的氨基酸序列中没有上述的序列组合，则胶原酶不能分解该蛋白。所以，蛋白酶本身的氨基酸序列中，肯定不含有它能够识别的酶切位点序列，不能分解自身。
酶有专一性，有专门分解某些蛋白酶的蛋白酶，酶也是蛋白质；对于某种特定的酶，也会有一种酶能够分解它，比如，胃蛋白酶可以被胰蛋白酶降解。但有一点需要知道：一般情况下，蛋白酶本身不会分解自己（但可以分解其他的蛋白酶）。