Sage Science 很高兴与 Universal Sequencing Technology 联手推广他们的TELL-Seq 条形码链接读取技术。我们兴奋的原因之一是 TELL-Seq 和基于转座酶的条形码方法极大地受益于高分子量 DNA——Sage 的专业领域之一。我们自己的HLS-CATCH方法是一个特别适合 TELL-Seq 的领域,特别是考虑到 HMW 目标纯化产生的 DNA 量相对较少。简单的文库工作流程和可随时访问 Illumina 测序也是一大优势。
验证这个命题简单明了。我们使用来自 Bottle Ashkenazi trio 样本集的 Genome 培养细胞执行 HLS-CATCH,使用 Cas9 指南,我们设计用于纯化包含 BRCA2 基因座的 187kb 目标。TELL-seq 文库是从每个人的目标制备的,测序并通过 10X Genomic 的 Long Ranger 分析包运行,然后在 10X Loupe 浏览器上可视化数据。相位块大小分别为 186 kb(母)、181kb(子)和 168Kb(父),只需要进行小基因组规模分析。
6 个单倍型中的变体与瓶中基因组高质量序列相比具有优势。
显然,CATCH 和 TELL-seq 可以成为获得基因靶标的远程基因组数据的经济替代方案。这种技术的价值之前在斯坦福大学的一篇论文 (Shin, GW, et al. 2019) 中得到了证明,其中,除其他分析外,4Mb MHC 组织相容性复合物使用 10X Genomics 链接读取方法进行定相。与长读长测序文库所需的工作相比,TELL-Seq 的简单性是个好消息。然而,那里也正在取得进展。最近的两篇论文展示了使用 HLS-CATCH 和 PacBio 测序(Walsh, T. et al. 2020)和 Oxford Nanopore(Zhou, B, et al. 2020)取得了很好的结果。
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Sage Science 是一家改进生命科学应用中样品制备过程的产品开发商,宣布从国家人类基因组研究所获得 180 万美元的奖励。该赠款资助了一项为期两年的计划,用于为其 HLS-CATCH 靶向 DNA 样本制备过程开发和商业化全自动平台。HLS-CATCH 方法使用电泳从细胞中提取完整的 DNA 到凝胶基质中。凝胶嵌入的 DNA 在特定的基因组位点使用 Cas9 核酸酶和 guideRNA 进行切割。然后纯化和收集大的 DNA 目标(100 到 1,000 千碱基)。通过这种方式,可以使用常规测序方法分析复杂的基因组现象,例如重复元件或结构变异。假基因和扩增等重复元素与许多遗传疾病有关,而结构变异在癌症基因组中很常见。Sage Science 首席执行官 Todd Barbera 表示:“我们相信,我们可以提供一种经济高效的 DNA 测序策略来研究目前无法通过目标富集方法或全基因组测序进行分析的基因。“使用 Cas9 靶向和切割特定序列可以灵活地将基因组中剩余的黑暗区域归零,其中许多与疾病有关。”HLS-CATCH 可作为手动方法使用 Sage Science 的 SageHLS 系统。使用该方法,研究人员和合作者对包括 PKD1、BRCA1/2、MAPT 和 MHC 在内的许多重要基因进行了测序。